Реалізація пріоритетних тематичних напрямків наукових досліджень і науково-технічних розробок з найбільш важливих проблем розвитку науково-технічного, соціально-економічного, суспільно-політичного, людського потенціалу для забезпечення конкурентоспроможності України та сталого розвитку суспільства і держави:
- «Технології сталого використання, збереження і збагачення біоресурсів та покращення їх якості і безпечності, збереження біорізноманіття»;
- «Технології моделювання та прогнозування стану навколишнього природного середовища»;
- «Технології утилізації та видалення побутових і промислових відходів»;
- «Технології раціонального водокористування, підвищення ефективності очищення стічних вод та запобігання забрудненню водних об’єктів»;
- «Технології очищення та запобігання забрудненню атмосферного повітря»;
- «Технології виявлення і оцінки корисних копалин, їх раціонального екологічно безпечного видобування»;
В рамках пріоритетного напряму розвитку науки і техніки «Раціональне природокористування» шляхом:
- участі у забезпеченні ядерної, радіаційної та екологічної безпеки діяльності зони відчуження та мінімізації негативних наслідків імовірних екстремальних ситуацій техногенного і природного походження;
- інвестування матеріальних, фінансових та технологічних вітчизняних та іноземних ресурсів у виробничу діяльність на території зони відчуження, а також залученні іноземних інвестицій і міжнародної технічної допомоги до реалізації інфраструктурних проектів;
- участь у моделюванні системи роботи Державного агентства України з управління зоною відчуження (далі ДАЗВ) та підприємств, що входять до сфери управління ДАЗВ з метою їх модернізації;
- участі у зменшенні ризиків виникнення лісових пожеж та мінімізації їх наслідків;
- участі у гармонізації екологічного законодавства, регламентів та стандартів з європейськими нормами і правилами із залученням технічного комітету стандартизації ТК-82 «Охорона навколишнього природного середовища України»;
- участі у впровадженні системи екологічного менеджменту на основі міжнародного стандарту ISO 14001;
- участі у удосконаленні системи обліку, екологічно і економічно прийнятного поводження з відходами;
- участі у підготовці наукових кадрів вищої кваліфікації (інформаційне, консультативне супроводження підготовки та захисту дисертаційних робіт з питань екологічної та техногенної безпеки об’єктів Агентства і прилеглих до них територій);
- «Створення та застосування технологій отримання нових речовин хімічного виробництва» в рамках пріоритетного напряму розвитку науки і техніки «Нові речовини і матеріали» шляхом:
— розроблення та впровадження технології переробки відходів фосфогіпсу на в’яжучі будівельні суміші, а також технології вилучення з відходів фосфогіпсу рідкоземельних металів.
Стратегічні пріоритетні напрями інноваційної діяльності, відповідно до Закону України «Про пріоритетні напрями інноваційної діяльності в Україні», середньострокові пріоритетні напрями загальнодержавного рівня, відповідно до постанови Кабінету Міністрів України від 12 березня 2012 р. № 294 «Деякі питання визначення середньострокових пріоритетних напрямів інноваційної діяльності загальнодержавного рівня на 2012-2016 роки», середньострокові пріоритетні напрями галузевого рівня, відповідно до постанови Кабінету Міністрів України від 17 травня 2012 року № 397 «Деякі питання визначення середньострокових пріоритетних напрямів інноваційної діяльності галузевого рівня на 2012-2016 роки».
Реалізація середньострокових пріоритетних напрямів інноваційної діяльності загальнодержавного рівня:
- «Застосування технологій раціонального надро- та землекористування»;
- «Впровадження прогресивних технологій водозабезпечення, водокористування та водовідведення»;
- «Застосування технологій замкненого циклу, технологій очищення, переробки та утилізації промислових і побутових відходів»;
- «Застосування технологій поводження з радіоактивними відходами та зменшення їх негативного впливу на навколишнє природне середовище»;
- «Застосування технологій зменшення шкідливих викидів та скидів».
В рамках пріоритетного напряму інноваційної діяльності «Широке застосування технологій більш чистого виробництва та охорони навколишнього природного середовища», шляхом:
- науково-технічного супроводження робіт з визначення (відбору) перспективних родовищ стратегічних важливих для економіки корисних копалин таких як золото та уран;
- розроблення та впровадження технологій дезактивації металовмісного обладнання, забрудненого радіонуклідами як природного, (нафтогазовидобувна та уранова галузі) так і штучного (аварійно-техногенного) походження (об’єкти Чорнобильської зони відчуження тощо).